اختارت إدارة مجلة "المرقاة" المحكمة نخبة من علماء الأمة المتخصصين ليكونوا الهيئة الاستشارية للمجلة، وهم:

- الأستاذ الدكتور أحمد الريسوني _ المغرب _ رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين

- الأستاذ الدكتور علي القره داغي - قطر - الأمين العام للاتحاد العالمي لعلماء المسلمين

- الأستاذ الدكتور عبد الحكيم السعدي ­- قطر - أستاذ أصول الفقه في كلية الشريعة جامعة قطر

- الأستاذ الدكتور محمد عثمان شبير - الأردن-  أستاذ الفقه وأصوله

- الأستاذ الدكتور أحمد أغيرا أقجة - تركيا _ رئيس جامعة ماردين أرتقلو _ أستاذ التاريخ الإسلامي

-  الدكتور حمدي أرسلان- تركيا- جامعة السلطان محمد الفاتح الوقفية.

- الأستاذ الدكتور صالح الرقب _ فلسطين _ أستاذ العقيدة في الجامعة الإسلامية بغزة سابقاً